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Utilisation de gdal-java d'OSGeo4W

Utilisation de gdal-java d'OSGeo4W


J'aimerais utiliser gdal_polygonize et gdalinfo en java. Ce site dit : "Notez que l'OSGeo4W inclut un package gdal-java et un environnement d'exécution Java, ce qui permet de créer assez facilement des applications Java locales à l'aide de GDAL." Mais comment?


Vous pouvez voir le code source d'une implémentation java de gdalinfo ici - https://svn.osgeo.org/gdal/trunk/gdal/swig/java/apps/gdalinfo.java

La fonction polygonize devrait être disponible dans les liaisons java, vous pouvez consulter la source de gdal_polygonize.py pour voir comment elle est utilisée - http://svn.osgeo.org/gdal/trunk/gdal/swig/python/scripts/gdal_polygonize .py


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J'essaie de géo-référencer une image à l'aide de gdal_translate dans une invite de commande. Actuellement, j'ai ce qui suit

Où l'emplacement de configuration est l'emplacement des fichiers de données gdal.

Le problème que j'ai est que lorsque j'ouvre l'image, elle a perdu son rapport hauteur/largeur. Je crois que cela a quelque chose à voir avec la projection mais je n'en suis pas sûr.

gdalinfo.exe donne les informations suivantes.

Les coordonnées du coin pour u_llr doivent être dans le système de coordonnées utilisé par l'image, et non dans la longitude/latitudes.

Le projet aléatoire GeoReferenced.tif est-il l'entrée ou la sortie de ce que vous essayez de faire ? Je suppose la sortie, auquel cas vous devriez regarder la partie Coordonnées du coin et noter la différence entre la première partie et la deuxième partie de chaque coin.

@mdsumner L'image est tirée de google maps. J'ai les coordonnées TL et BR de google maps et j'aimerais les utiliser pour obtenir un système de coordonnées approximatif sur l'image afin de l'aligner sur une zone. Si je m'y suis mal pris, y a-t-il une meilleure option ?

@BradHards J'ai regardé les coordonnées du coin comme vous l'avez suggéré, mais je ne sais pas ce que je suis censé rechercher.

Comme l'a souligné mdsumner, vous avez mélangé les coordonnées projetées (la première paire de chiffres dans les coordonnées de coin) et la longitude/latitude (la deuxième paire de chiffres dans les coordonnées de coin). Sûrement 0d 0' 2.49"W, 0d 0' 1.26"N n'est pas le coin supérieur gauche que vous vouliez.

J'essaie de géo-référencer une image à l'aide de gdal_translate dans une invite de commande. Actuellement, j'ai ce qui suit

Où l'emplacement de configuration est l'emplacement des fichiers de données gdal.

Le problème que j'ai est que lorsque j'ouvre l'image, elle a perdu son rapport hauteur/largeur. Je crois que cela a quelque chose à voir avec la projection mais je n'en suis pas sûr.

gdalinfo.exe donne les informations suivantes.

Les coordonnées du coin pour u_llr doivent être dans le système de coordonnées utilisé par l'image, et non dans la longitude/latitudes.

Le projet aléatoire GeoReferenced.tif est-il l'entrée ou la sortie de ce que vous essayez de faire ? Je suppose la sortie, auquel cas vous devriez regarder la partie Coordonnées du coin et noter la différence entre la première partie et la deuxième partie de chaque coin.

@mdsumner L'image est tirée de google maps. J'ai les coordonnées TL et BR de google maps et j'aimerais les utiliser pour obtenir un système de coordonnées approximatif sur l'image afin de l'aligner sur une zone. Si je m'y suis mal pris, y a-t-il une meilleure option ?

@BradHards J'ai regardé les coordonnées du coin comme vous l'avez suggéré, mais je ne sais pas ce que je suis censé rechercher.

Comme l'a souligné mdsumner, vous avez mélangé les coordonnées projetées (la première paire de chiffres dans les coordonnées de coin) et la longitude/latitude (la deuxième paire de chiffres dans les coordonnées de coin). Sûrement 0d 0' 2.49"W, 0d 0' 1.26"N n'est pas le coin supérieur gauche que vous vouliez.

J'essaie de géo-référencer une image à l'aide de gdal_translate dans une invite de commande. Actuellement, j'ai ce qui suit

Où l'emplacement de configuration est l'emplacement des fichiers de données gdal.

Le problème que j'ai est que lorsque j'ouvre l'image, elle a perdu son rapport hauteur/largeur. Je crois que cela a quelque chose à voir avec la projection mais je n'en suis pas sûr.

gdalinfo.exe donne les informations suivantes.

J'essaie de géo-référencer une image à l'aide de gdal_translate dans une invite de commande. Actuellement, j'ai ce qui suit

Où l'emplacement de configuration est l'emplacement des fichiers de données gdal.

Le problème que j'ai est que lorsque j'ouvre l'image, elle a perdu son rapport hauteur/largeur. Je crois que cela a quelque chose à voir avec la projection mais je n'en suis pas sûr.

gdalinfo.exe donne les informations suivantes.

Les coordonnées du coin pour u_llr doivent être dans le système de coordonnées utilisé par l'image, et non dans la longitude/latitudes.

Le projet aléatoire GeoReferenced.tif est-il l'entrée ou la sortie de ce que vous essayez de faire ? Je suppose la sortie, auquel cas vous devriez regarder la partie Coordonnées du coin et noter la différence entre la première partie et la deuxième partie de chaque coin.

@mdsumner L'image est tirée de google maps. J'ai les coordonnées TL et BR de google maps et j'aimerais les utiliser pour obtenir un système de coordonnées approximatif sur l'image afin de l'aligner sur une zone. Si je m'y suis mal pris, y a-t-il une meilleure option ?

@BradHards J'ai regardé les coordonnées du coin comme vous l'avez suggéré, mais je ne sais pas ce que je suis censé rechercher.

Comme l'a souligné mdsumner, vous avez mélangé les coordonnées projetées (la première paire de chiffres dans les coordonnées de coin) et la longitude/latitude (la deuxième paire de chiffres dans les coordonnées de coin). Sûrement 0d 0' 2.49"W, 0d 0' 1.26"N n'est pas le coin supérieur gauche que vous vouliez.

Les coordonnées du coin pour u_llr doivent être dans le système de coordonnées utilisé par l'image, et non dans la longitude/latitudes.

Le projet aléatoire GeoReferenced.tif est-il l'entrée ou la sortie de ce que vous essayez de faire ? Je suppose la sortie, auquel cas vous devriez regarder la partie Coordonnées du coin et noter la différence entre la première partie et la deuxième partie de chaque coin.

@mdsumner L'image est tirée de google maps. J'ai les coordonnées TL et BR de google maps et j'aimerais les utiliser pour obtenir un système de coordonnées approximatif sur l'image afin de l'aligner sur une zone. Si je m'y suis mal pris, y a-t-il une meilleure option ?

@BradHards J'ai regardé les coordonnées du coin comme vous l'avez suggéré, mais je ne sais pas ce que je suis censé rechercher.

Comme l'a souligné mdsumner, vous avez mélangé les coordonnées projetées (la première paire de chiffres dans les coordonnées de coin) et la longitude/latitude (la deuxième paire de chiffres dans les coordonnées de coin). Sûrement 0d 0' 2.49"W, 0d 0' 1.26"N n'est pas le coin supérieur gauche que vous vouliez.

Les coordonnées du coin pour u_llr doivent être dans le système de coordonnées utilisé par l'image, et non dans la longitude/latitudes.

Les coordonnées du coin pour u_llr doivent être dans le système de coordonnées utilisé par l'image, et non dans la longitude/latitudes.

Le projet aléatoire GeoReferenced.tif est-il l'entrée ou la sortie de ce que vous essayez de faire ? Je suppose la sortie, auquel cas vous devriez regarder la partie Coordonnées du coin et noter la différence entre la première partie et la deuxième partie de chaque coin.

Le projet aléatoire GeoReferenced.tif est-il l'entrée ou la sortie de ce que vous essayez de faire ? Je suppose la sortie, auquel cas vous devriez regarder la partie Coordonnées du coin et noter la différence entre la première partie et la deuxième partie de chaque coin.

@mdsumner L'image est tirée de google maps. J'ai les coordonnées TL et BR de google maps et j'aimerais les utiliser pour obtenir un système de coordonnées approximatif sur l'image afin de l'aligner sur une zone. Si je m'y suis mal pris, y a-t-il une meilleure option ?

@mdsumner L'image est tirée de google maps. J'ai les coordonnées TL et BR de google maps et j'aimerais les utiliser pour obtenir un système de coordonnées approximatif sur l'image afin de l'aligner sur une zone. Si je m'y suis mal pris, y a-t-il une meilleure option ?

@BradHards J'ai regardé les coordonnées du coin comme vous l'avez suggéré, mais je ne sais pas ce que je suis censé rechercher.

@BradHards J'ai regardé les coordonnées du coin comme vous l'avez suggéré, mais je ne sais pas ce que je suis censé rechercher.

Comme l'a souligné mdsumner, vous avez mélangé les coordonnées projetées (la première paire de chiffres dans les coordonnées de coin) et la longitude/latitude (la deuxième paire de chiffres dans les coordonnées de coin). Sûrement 0d 0' 2.49"W, 0d 0' 1.26"N n'est pas le coin supérieur gauche que vous vouliez.

Comme l'a souligné mdsumner, vous avez mélangé les coordonnées projetées (la première paire de chiffres dans les coordonnées de coin) et la longitude/latitude (la deuxième paire de chiffres dans les coordonnées de coin). Sûrement 0d 0' 2.49"W, 0d 0' 1.26"N n'est pas le coin supérieur gauche que vous vouliez.


Cette question a des réponses qui peuvent être bonnes ou mauvaises, le système l'a marquée comme active afin qu'elles puissent être examinées.

J'ai écrit un article de blog à ce sujet il y a quelques années.

Évidemment, dans un vrai programme, vous voudriez écrire dans un StringBuffer ou quelque chose au lieu de stdout. Si vous souhaitez utiliser le filtre à d'autres points du code GeoTools, vous n'avez besoin que de filter .

Merci pour cette écriture, des trucs assez cool. Connaissez-vous une implémentation possible concernant les fonctions ? Je sais que c'est valable dans la spécification 2.0

– John Lippson
15 février 18 à 18:08

Il suffit de changer la configuration en version 2.0

Idéalement, ce que je veux, c'est lorsqu'une balise de fonction est touchée dans le XML lorsque je convertis de XML en CQL, elle remplacera tous les espaces réservés par mes paramètres d'entrée.


1 réponse 1

La mise à jour des enregistrements dans GeoMesa est coûteuse car elle nécessite des suppressions et des créations séparées.

Cela peut être réalisé via l'API GeoTools DataStore avec la méthode DataStore.getFeatureWriter(filter).

La prise en charge de Spark de GeoMesa a évolué de la lecture des données dans les RDD à l'extraction des données dans les DataFrames.

Après avoir créé un RDD ou un DataFrame dérivé, tout ce produit peut être enregistré (et dans certains cas, il pourrait être considéré comme une «nouvelle» table dans un sens réel). Depuis novembre 2019, l'intégration de GeoMesa avec Spark ne permet pas les mises à jour directement via l'API Spark.


Le format de fichier HDF actuel est un format de conteneur générique et n'utilise pas les attributs de métadonnées EOS. Cela implique que, si le logiciel SIG/traitement d'images peut utiliser la bibliothèque HDF pour lire les jeux de données du fichier, il ne peut pas lire les géo-informations (emplacement sur la carte, taille des pixels, projection, etc.). Dans plusieurs cas, le logiciel fait des hypothèses sur ces valeurs, mais celles-ci sont le plus souvent incorrectes, conduisant par exemple à un mauvais positionnement du jeu de données sur la carte ou à une zone de couverture spatiale incorrecte.

Comme expliqué dans la question FAQ sur le reformatage du produit, il existe des utilitaires logiciels pour faciliter la conversion de format :

  • VGTExtract ajoutera les informations géographiques correctes lorsqu'il effectuera le reformatage des produits basés sur SPOT-VEGETATION.
  • Lorsque vous utilisez les utilitaires GDAL, notez que GDAL s'attend à ce que les coordonnées représentent le coin supérieur gauche du pixel, alors que SPOT-VEGETATION utilise des coordonnées centrées sur le pixel.
  • Les produits fournis au format GeoTiff, tels que les plans d'eau, incluent déjà les informations géographiques.
  • Les métadonnées XML fournissent ces informations de géoréférencement dans un format standardisé et peuvent être visualisées dans un navigateur. Assurez-vous d'utiliser le fichier XSLT (.xsl) pour une meilleure visualisation.

Ou contactez-nous pour élaborer un exemple concret.

L'exemple de programme ci-dessous, écrit en langage Python, illustre comment calculer le numéro de tuile (H, V dans le nom de fichier du produit) et la ligne/colonne dans la tuile pour une coordonnée de latitude et de longitude spécifique.

Les produits sont livrés dans une archive ZIP qui contient des fichiers de données au format HDF4 (version 0), HDF5 (version 1) ou GeoTiff. Les pages d'informations sur les produits fournissent, par produit, quelques conseils pour démarrer et des liens vers des outils logiciels pertinents.

Dans le cas où votre logiciel de traitement d'images SIG ou de télédétection ne prend pas en charge le format standard, le reformatage est généralement réalisé avec ces méthodes :

VGTExtract est livré avec un manuel d'utilisation détaillé qui explique le reformatage courant, mais aussi l'assemblage des carreaux de 10x10 degrés, l'extraction des zones d'intérêt, etc.

      • gdalinfo --formats, affiche la liste des formats pris en charge dans votre installation GDAL
      • gdalinfo yourInputFile.h5, montrant les différentes couches de données (images) disponibles dans le fichier.
      • gdal_translate –of GTIFF yourInputFile.h5:yourBand yourOutputFile.GTiff, en ajoutant bien sûr le chemin (c:. ) selon les besoins.

      Les utilitaires GDAL sont basés sur la ligne de commande et les compiler à partir du code source peut être délicat compte tenu des nombreuses options et du nombre de formats de fichiers pris en charge.

      De nombreux autres logiciels gratuits, tels que QGIS, incluent des fonctions d'importation (et d'exportation) basées sur GDAL. Pour obtenir des installations binaires faciles, en particulier pour Windows, il est donc recommandé de télécharger et d'installer un tel logiciel d'analyse gratuit et d'utiliser les utilitaires GDAL qu'il contient. Alternativement, en particulier si vous avez besoin de la dernière version de GDAL, le nouveau package OSGEO4W et, dans une moindre mesure, les outils de Frank Warmerdam (FWTools) permettent une installation facile sur Windows qui inclut la bibliothèque et les utilitaires GDAL ainsi que divers autres outils géospatiaux libres et open source. Logiciel.

      Les utilitaires (gdal_translate, gdalinfo) se trouvent généralement dans un dossier "bin" de l'installation.

      Le portail d'accès aux données permet de superposer les aperçus sur la carte globale (cliquez sur l'icône Quicklook d'un produit dans la colonne de droite après la recherche). La mise à l'échelle de l'aperçu rapide jusqu'en mai 2012 a été mise à l'échelle avec des valeurs différentes de celles des aperçus rapides générés à partir de juin 2012. En tant que tel, la sélection d'un premier aperçu montre un motif sombre (du gris foncé au noir) tandis qu'un aperçu ultérieur montre un joli motif en niveaux de gris. Le problème sera résolu lors du retraitement de l'archive vers la version 3.

      (L'exemple utilisera les données SWI V2.0 du 6 février 2012). Il suppose également que la bibliothèque GDAL est installée.

      Après décompression du fichier zip du produit, le fichier " g2_BIOPAR_SWI_201202060000_GLOBE_ASCAT_V2.0.0.h5" sera dans votre dossier. Pour inspecter son contenu, exécutez la commande suivante dans une interface de ligne de commande de votre système d'exploitation.

      Cela produira une sortie longue comprenant toutes les informations contenues dans le fichier HDF5. La partie qui nous intéresse sont les sous-ensembles de données. Cette partie de la sortie ressemble à ceci :

      SUBDATASET_1_DESC=[1800x3600] //FREEZE_THAW/SSF (caractère 8 bits non signé)

      SUBDATASET_2_DESC=[1800x3600] //QFLAG/QFLAG_001 (caractère 8 bits non signé)

      Il répertorie tous les sous-ensembles de données du fichier HDF5. Nous avons besoin du nom du sous-ensemble de données qui nous intéresse pour exporter ceux qui nous intéressent.

      La commande gdal_translate

      peut être utilisé pour convertir les données. La commande

      gdal_translate -a_srs "EPSG:32662" -a_ullr -20037508.3428 10018754.1714 20037508.3428 -10018754.1714 'HDF5:"g2_BIOPAR_SWI_201202060000_GLOBE_ASCAT_V2.0.0.hiff"://SWI/SWI_02020

      convertira la couche dans le fichier HDF représentant SWI avec une valeur T de 20 (SWI_020) en GeoTIFF SWI_020.tiff dans le même dossier. La commande a également utilisé –a_srs pour définir la projection correcte pour le GeoTIFF et –a_ullr pour donner les coordonnées de bord projetées de l'image.


      Mdhntd

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      Je souhaite créer des fonctionnalités pour télécharger le fichier de formes ESRI et le superposer sur la carte à l'aide d'OpenLayers 3. Une fois que l'utilisateur a vérifié, je souhaite enregistrer dans la table PostgreSQL/PostGIS.

      Pour autant que j'ai googlé, je ne reçois aucune ressource. Y a-t-il un moyen de le faire dans OpenLayers 3 ?

      Par client, entendez-vous « utilisateur » ou par navigateur Web ?

      Je dirais que vos résultats nuls via la recherche sont corrects, vous ne pourrez pas télécharger un fichier de formes directement dans OpenLayers de n'importe quelle version, car il s'agit d'un format binaire non destiné à l'affichage Web. Vous pourriez cependant envisager une solution basée sur l'utilisation d'un service WFS-T

      à partir du navigateur, l'utilisateur téléchargera un fichier de formes comme gipong.github.io/shp2geojson.js

      Jetez un œil à la bibliothèque shp2geojson.js : github.com/gipong/shp2geojson.js

      Vos commentaires, ne correspondent pas vraiment à votre question, veuillez modifier la question pour ajouter plus de détails sur ce que vous essayez de faire, ce que vous avez trouvé, ce que vous avez essayé

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      Renvoyé à la page d'accueil par Communauté ♦ il y a 3 minutes

      Cette question a des réponses qui peuvent être bonnes ou mauvaises, le système l'a marquée comme active afin qu'elles puissent être examinées.

      Je viens de trouver une méthode rapide pour y parvenir en utilisant 'EnvFunction'. J'ai d'abord défini une valeur unique 'EnvFunction.setGlobalValue(unique_str, variable_value)'. Ensuite, je créerais une fonction en tant que ' Function fn = ff.function("env", ff.property(unique_str), ff.literal(0))'. Ce fn peut être facilement utilisé dans 'rule.setfilter()'. Je suis sûr qu'il existe des moyens bien meilleurs et propres pour y parvenir. L'inconvénient ici est que je dois définir une valeur globale pour chaque ligne.

      J'ai une application Java Swing qui charge un fichier de formes de ligne et dessine une carte. J'utilise un filtre et une règle pour filtrer les lignes du fichier de formes où l'attribut "trafic" est supérieur à 500. Chaque ligne a une valeur "trafic" différente et cela fonctionne parfaitement ("trafic" signifie le trafic maximum autorisé volume de la route). Je peux créer un style séparé pour ces lignes filtrées.

      Maintenant, je veux faire la logique suivante

      La "current_traffic_value" est une valeur entière stockée dans une base de données pour chaque ligne. Je veux donc vérifier chaque ligne par rapport à une valeur variable. Puis-je y parvenir en utilisant les méthodes SLD ? Quelle serait la méthode optimale pour y parvenir ?

      J'ai une application Java Swing qui charge un fichier de formes de ligne et dessine une carte. J'utilise un filtre et une règle pour filtrer les lignes du fichier de formes où l'attribut "trafic" est supérieur à 500. Chaque ligne a une valeur "trafic" différente et cela fonctionne parfaitement ("trafic" signifie le trafic maximum autorisé volume de la route). Je peux créer un style séparé pour ces lignes filtrées.

      Maintenant, je veux faire la logique suivante

      La "current_traffic_value" est une valeur entière stockée dans une base de données pour chaque ligne. Je veux donc vérifier chaque ligne par rapport à une valeur variable. Puis-je y parvenir en utilisant les méthodes SLD ? Quelle serait la méthode optimale pour y parvenir ?


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      Comment démarrer emacs en mode "rien" (`fundamental-mode`)

      Quels avantages seraient obtenus en utilisant des travailleurs humains au lieu de drones dans l'exploitation minière en haute mer ?

      Pourquoi les États-Unis n'ont-ils pas été plus affirmés face à la Russie ces dernières années ?

      Quel vol a le rapport le plus élevé entre le décalage horaire et le temps de vol ?

      Puis-je équiper Crâneclamp sur une créature que je sacrifie ?

      WOW air a cessé ses activités, puis-je me faire rembourser mes billets ?

      résultats de sp_blitzCache Octroi de mémoire

      Comment fonctionne la commande mv avec les lecteurs externes ?

      Est-il possible de rechercher une combinaison répertoire/fichier ?

      Si Nick Fury et Coulson connaissaient déjà les extraterrestres (Kree et Skrull), pourquoi ont-ils attendu l'apparition de Thor pour commencer à fabriquer des armes ?

      Pourquoi la notation standard ne préserve-t-elle pas les intervalles (visuellement)

      "Dans la bonne combinaison" vs "avec la bonne combinaison" ?

      Pourquoi les langages de programmation ne gèrent-ils pas automatiquement le problème synchrone/asynchrone ?

      Un tout bon moldu serait-il capable d'utiliser une baguette ?

      Effectuer une reclassification de raster dans QGIS ?

      Le prochain PDG de Stack OverflowReclassification multiple à l'aide de RasterCalc dans QGISReclassification de l'analyse raster (comme celle d'ArcGIS Spatial Analyst) dans QGISAucune valeur de cellule dans le fichier raster /style rasters correctement?Exporter les valeurs de classe raster classées à partir de DEMClassification de la pente (plate, pente, raide, très raide) dans QGIS?Comment remplacer les valeurs Nan ou nodata en 0?Récupérer l'élévation de la couleur dans Raster DEMCCréation d'un filtre rasterReclassification multiple à l'aide de RasterCalc dans QGISComment reclasser un raster flottant ?Comment lisser des polygones après avoir converti le DEM à l'aide de Raster en polygone ?Comment modifier la valeur de pixel d'un jeu de données raster qui chevauche un fichier de formes en vedette de polygone dans ArcGISReclassifier l'analyse raster (comme celle d'ArcGIS Spatial Analyst) dans QGISReclassify raster en fonction des valeurs Z dans Arcmap 10.4.1Reclassification de raster dans QGIS ou un autre logiciel open source avec ruptures calculées uniquementConservation des valeurs entières dans le raster lors de la reclassification des valeurs dans QGIS?Reclassification partielle du raster dans QGIS


      Utilisation de gdal-java d'OSGeo4W - Systèmes d'information géographique

      Affichage des statistiques spatiales R sur des cartes dynamiques Google avec des applications Web créées par Rwui

      11 1 41 http://www.ij-healthgeographics.com/content/11/1/41

      2012 Newton et al. titulaire de la licence BioMed Central Ltd. Il s'agit d'un article en libre accès distribué sous les termes de la Creative Commons Attribution License ( http://creativecommons.org/licenses/by/2.0 ), qui permet une utilisation, une distribution et une reproduction sans restriction sur tout support, à condition que l'œuvre originale soit correctement citée.

      Le projet R comprend une grande variété de packages conçus pour les statistiques spatiales. Les cartes dynamiques de Google fournissent un accès Web aux cartes mondiales et aux images satellite. Nous décrivons une méthode pour afficher directement la sortie spatiale d'un script R sur une carte dynamique Google.

      Ceci est réalisé en créant une application Web basée sur Java qui exécute le script R, puis affiche les résultats sur la carte dynamique. Afin de rendre cette méthode facile à mettre en œuvre par ceux qui ne connaissent pas la programmation d'applications Web basées sur Java, nous avons ajouté la méthode aux options disponibles dans l'application R Web User Interface (Rwui). Rwui est une application Web établie pour créer des applications Web pour exécuter des scripts R. Une caractéristique de Rwui est que tout le code de l'application Web en cours de création est généré automatiquement afin qu'une personne n'ayant aucune connaissance en programmation Web puisse créer une application Web entièrement fonctionnelle pour exécuter un script R en quelques minutes.

      Rwui peut désormais être utilisé pour créer des applications Web qui afficheront les résultats d'un script R sur une carte dynamique Google. Les résultats peuvent être affichés sous forme de marqueurs discrets et/ou sous forme de superpositions continues. De plus, les utilisateurs de l'application Web peuvent sélectionner des régions d'intérêt sur la carte dynamique avec des clics de souris et les coordonnées de la région d'intérêt seront automatiquement mises à disposition pour être utilisées par le script R.

      Cette méthode d'affichage de la sortie R sur des cartes dynamiques est conçue pour être utile dans un certain nombre de domaines. Premièrement, il permet aux statisticiens, travaillant dans R et développant des méthodes en statistiques spatiales, de visualiser facilement les résultats de l'application de leurs méthodes à des données du monde réel. Deuxièmement, il permet aux chercheurs qui utilisent R pour étudier des données géographiques de santé, d'afficher leurs résultats directement sur des cartes dynamiques. Troisièmement, en créant une application Web pour exécuter un script R, un statisticien peut permettre à des utilisateurs qui ne connaissent pas du tout R d'exécuter des analyses statistiques codées R des données géographiques de la santé. Quatrièmement, nous envisageons un rôle pédagogique pour de telles applications.

      L'analyse statistique spatiale avec affichage graphique des données sur des cartes géographiques joue un rôle central dans la géographie de la santé. Une grande partie du travail de pionnier réalisé dans le domaine de la méthodologie statistique spatiale est disponible dans des packages du projet R 1 2 . Les cartes dynamiques de Google sont une source polyvalente de cartes mondiales et d'images satellites, facilement accessibles via Internet 3 . Nous décrivons une méthode facile à mettre en œuvre pour réunir ces deux technologies disponibles gratuitement.

      Nous y parvenons en créant une application Web basée sur Java qui exécute le script R, puis affiche les résultats sur la carte dynamique de Google. We provide technical details of exactly how this is done in Additional file 1 . However we recognised that creating a Java based web application to run an R script would be time-consuming for anyone unversed in web programming, and this would limit the use of the method. Therefore in order to make the method easy for anyone to implement, even if they are entirely unfamiliar with creating Java based web applications, we have added the method to Rwui. Rwui is an established web application for creating web applications for running R scripts. A feature of Rwui is that all the code for the web application being created is generated automatically so that someone with no knowledge of web programming can make a fully functional web application for running an R script in a matter of minutes. Figure 1 shows a schematic flow diagram of the procedure.

      Technical details - how to run an R script in a Java based web application.

      Schematic flow diagram of procedure

      Schematic flow diagram of procedure. Showing how to create a web application using Rwui.

      Rwui allows a statistician, for example, to design a web application suitable for their R script on a sequence of web pages. By selecting options on Rwui’s web pages, a web application can be generated with no additional programming. Once Rwui has generated the web application, the person creating the web application downloads it from the final web page of Rwui. Once downloaded, the web application then needs to be installed on a suitable server in order to be used. Installing a web application created by Rwui is simply a matter of copying one file to the server. Full instructions are given in Rwui’s help file 29 .

      A typical web application created by Rwui presents users with a web page in their browser window in which they can upload data and/or select options such as parameter values. The web application runs the R script automatically, making the data and parameter values entered by the user available to the R script. On completion of the R script the results are returned to the user’s web page. Results can be displayed in a number of formats, selected when the web application is being designed, including the option of displaying results superimposed on a Google dynamic map. Results may be displayed on the map as discrete markers and/or as a continuous overlay. In addition, users of the web application may select regions of interest on the dynamic map with mouse clicks and the coordinates of the region of interest will automatically be made available for use by the R script at the next press of the ‘Analyse’ button.

      Because the R script is run by a web application the analysis can, of course, be accessed remotely over the web, and by multiple users at any one time. It is however also possible to install the web application on a single stand-alone machine.

      Integrating R scripts with Google dynamic maps in this direct manner has a number of potential uses. Firstly it allows statisticians, working in R and developing methods in spatial statistics, to easily visualise the results of applying their methods to real world data. Secondly, it allows researchers who are using R to study health geographics data for outbreak management, public health planning, and other geographic-data intensive tasks to display their results directly onto dynamic maps. Thirdly, by creating a web application for running an R script, a statistician for example, can enable users who are entirely unfamiliar with R to run the statistician’s R coded analysis of health geographics data. Users of web applications created by Rwui have no contact with the actual R script, which runs out of sight on the server all that users see is the web pages of the application in their browser window. Fourthly, we envisage an educational role for such applications. By leveraging the interactive features of Google dynamic maps, various aspects of spatial statistical analyses can be explored in a visual, intuitive way.

      Different approaches to the custom statistical analysis of health data, and integration with GIS visualization

      Different approaches to the custom statistical analysis of health data, and integration with GIS visualization. The standard approach, which involves using a statistical package in conjunction with a GIS system, is laborious and labour intensive and requires 6 steps shown here, which may preclude its usage in a time-sensitive, critical scenario such as an outbreak. The Rwui approach only requires 3 steps for repeated statistical analysis. The resulting webapp is platform independent and can be used on various devices (smartphones, PDAs, etc). And it is built around a custom R script, rather than being based around a limited number of built-in statistical analyses (as in EpiInfo and other related platforms).

      There are a large number of technologies whose capabilities overlap those described here. None however provide the same combination of four key capabilities, 1. web accessible R statistical analysis combined with 2. the results overlain on dynamic map and satellite imagery and 3. the capacity for statisticians to create such web applications automatically without having to learn complex new programming skills and 4. the ability of users, who are unfamiliar with R programming, such as physicians and medical support staff, to execute data analyses in a user-friendly and efficient manner. A comprehensive review of all the overlapping technologies is not possible here, but some key ones will be summarized (see also feature matrix in Table 1 ). QuantumGIS 32 is a geographic information system (GIS) enabling the display and analysis of data but without the in depth spatial statistical analysis provided by R or the capabilities of web access. Mapserver 33 allows data to be presented on web accessible maps but again lacks the spatial statistical analysis provided by R. SOLVAT 34 provides a method for analyzing data using OLAP (online analytical processing) but is a Windows based executable, and uses its own built-in mapping system that cannot be shared. The EpiInfo 35 , a program developed for Windows, allows mapping using a built-in mapping system, and some statistical functions, but not a full statistical language, or web-based maps. With ArcGIS 36 customised GIS web applications can be created but again without R, and ArcGIS is not open source or free.

      Comparing the features provided by Rwui with those of other systems

      Visualization method 4

      User interface 5

      Automated visualization 6

      Spatial Statistics 7

      Compatible with R 8

      1 Type of software system.

      2 Is the software free or commercial.

      3 Is the system’s source code available for use.

      4 The type of visualization system used.

      5 Is a graphical user interface available.

      6 Are maps automatically produced, or is further programming required?

      7 Can advanced spatial statistics be incorporate and customized?

      8 Is the software system able to incorporate R code?

      9 Can a custom, easy to use GUI driven stand-alone application be created?

      In the following sections we first explain the method and then present two example applications where results from an R analysis are displayed on a Google dynamic map.

      Running an R script from a web application

      By using Rwui, a web application for running an R script can be created without having to know any technical details and without having to do any web programming, but in this section we give a brief summary of the underlying methods.

      In order to run an R script from a web application we use a Java based approach. The web application has three main components the View (the way in which information is presented to the user), the Controller (controlling the flow of the application) and the Model (the data processing). The Model part of the application, a Java program, passes the information entered by the user on the application’s web page to the R script and then runs the script. The application waits for the R script to finish and then returns the results to the web page.

      The R script is run using R batch mode. The batch command is placed in a shell script, which is run as a Process using the Java application’s instance of the Runtime class. Before the R script is run, the values of the variables that the user entered on the web pages are passed to the R script. The application writes this information, as R assignments, into a text file which is concatenated with the main R script prior to execution. The application waits for the script to finish and then displays the results on the web page. Google dynamic maps are generated by Javascript, so in order to display results on a Google dynamic map the results, written by the R script, need to be in the form of an appropriate Javascript file.

      In Additional file 1 we elaborate on the technical details as to how an R script can be run by a Java based web application. But by using Rwui, such a web application can be created without having to know any of these technical details. In the following section we describe how to use Rwui. We then describe how to install an application once it has been created by Rwui. Then we explain the R script requirements for displaying results on a Google dynamic map, namely the Javascript file that the R script needs to produce. In the final Methods section we describe the use of a typical application created by Rwui that displays results on a Google dynamic map.

      Creating a web application for running an R script using Rwui

      Rwui is a web application, accessible in a web browser at the following address: http://sysbio.mrc-bsu.cam.ac.uk/Rwui . Anyone with an R script can use Rwui to design and create a web application for running their R script. Rwui comprises a sequence of twenty web pages on which the user designs their web application, tailoring it to the requirements of their R script. The user can backtrack, edit and insert features. A facsimile of the web application they are creating is displayed in the lower part of the current Rwui web page as the user’s design of their web application progresses.

      After entering a title and introductory text for the application, the user of Rwui has to select the input items that will appear on their application’s web page. Input items may be Numeric entry boxes, Text entry boxes, Text Area boxes, Radio Buttons, Checkboxes, Drop-down lists, Multi-select lists, File Upload boxes, Replicate File Upload entry, Zip File Upload boxes. Each of the input variables of the R script, that is, those variables in the script that require a value supplied by the user, must have a corresponding input item on the application’s web page. In a completed web application the association of an input item on the web page with an input variable in the R script works in the following manner. If, for example, the R script variable my_num is associated with a Numeric entry box, then the completed application will automatically add a line to the beginning of the R script that assigns to the R variable my_num whatever value the user of the completed application enters in the Numeric entry box on the web page. For example, if the user of the completed application enters 1.234 in the Numeric entry box then the line my_num <- 1.234 will be written automatically at the beginning of the R script before the script is run. Figure 3 shows a web page from Rwui. On this page the input items that will appear in the application are added the facsimile of the web application that is being created can be seen on the lower half of the page.

      One web page of Rwui, on which input items are added

      One web page of Rwui, on which input items are added. One of the twenty web pages that comprise Rwui. A facsimile of the dynamic map example application being created can be seen on the lower half of the page.

      The names of the results files to be displayed for the user of the completed web application also need to be entered whilst the application is being designed in Rwui. Specifying that the results are to be displayed on a Google dynamic map is simply a matter of checking a box and giving the name of the javascript file that the R script will write containing the code for creating the map. This javascript file is explained in the section ‘R script requirements to display results on a Google dynamic map’. There is also the option of displaying the results on a clickable Google dynamic map. If this option is chosen, in the completed web application mouse clicks can be used to mark out a region of interest (ROI) on the dynamic map. ROI’s may be circles, squares, rectangles or irregular polygons and the coordinates of the ROI are automatically made available to the R script. Further information on ROI’s can be found in the ‘Example applications’ section.

      Subsequent pages of Rwui allow the user to specify the layout of results and add a number of optional features if required. For example the application can optionally include a login page with access controlled either by a single password, or by username/password pairs. Then once the user of Rwui has finished designing their web application Rwui generates all the code for the web application automatically. The completed web application can be downloaded from the final web page of Rwui.


      WEB BASED DISASTER INFORMATION SHARING PLATFORM, GeoWeb USING OPEN SOURCE SOFTWARE AND FREEWARE FOR RURAL AREAS

      1 WEB BASED DISASTER INFORMATION SHARING PLATFORM, Geo USING OPEN SOURCE SOFTWARE AND FREEWARE FOR RURAL AREAS Yasuharu YAMADA a a Research Team for Disaster Reduction, National Institute for Rural Engineering, National Agriculture and Food Research Organization, 2-1-6, Kannondai, Tsukuba, Ibaraki Japan- Commission VIII, WG VIII/1 KEY WORDS: Geoweb, open source, disaster information sharing, WMS,, ISO/TC211 standard ABSTRACT: In Japan, Ministry of agriculture, forestry and fisheries is responsible for disaster reduction in rural areas and irrigation facilities, such as head works, irrigation canals, pump stations, landslides, farm ponds, etc. The sensor data collecting system for the detection of abnormal conditions of the irrigation facilities or landslide is now being replaced with new equipment. An event of disaster depends upon meteorological factors, various conditions of facilities, the flow of river, etc. Many different kinds of organizations, such as meteorological observatories, the river bureau, a land improvement district, etc., have observed data. If the residents in rural areas or the staffs of land improvement bureau want to know the risk of disaster, they must collect many kinds of data from many organizations. But such kind of data is related to the location. Therefore in case that each organization opens the observed data to the public using WMS, WFS, WCS or under the ISO TC211 standards, the data users can easily obtain such kind data associated with location information through the. This kind of www server is called Geo. The author conducts an experiment on making it and trying to find problems. 1. INTRODUCTION Architecture of the data retrieval system 1.1 Introduction The author and his colleagues have experiences to make a sort of data retrieval and map painting system on the client browser from agricultural database using based GIS tool, AutoDesk Guide. (1998 and 2000 See Figure1.) And the author often pointed out the possibility of Geo, a kind of based information sharing system. Recently, Open source and free software for making Geo is quickly growing. Therefore the author tried to make a Geo using open source software for information sharing in case of disaster. client generator (Guide server) ODBC, OLE DB, native API server Database A Database B Database C CGI gateway (ColdFusion) database (SDF data file) Developed in 1998 Figure Architecture of the data retrieval system developed in

      2 1.2 What is Geo? When natural disaster, such as heavy thunderstorm, flood, landslide, earthquake, occurs, the people, who lives in the stricken area or must make decision for the quick response, are sure that they want to know the overall circumstances of the disaster as soon as possible. Many kinds of organizations, such as a meteorological observatory, the river bureau, a land improvement district, etc. have the observed data, such as radar thunderstorm, precipitation, water level of a stream-flow, etc. The information user should check the thunderstorm cloud location and river water level reported by the world wide web of a meteorological station and a river management authority for example. But the users should know the URL beforehand or use a search engine and specify the URL on their browser for every world wide web server site. (See Figure 2.) server URL data data HTML irrigation channel office. Then it is very important to improve the information gathering methods among those concerned. The concept of Geo is a possible solution to this question. (See Figure 3.) Ron Lake et al. (2004) explain the definition of Geo as follows: The Geo- is a distributed network of interconnected geographic information sources and processing services that are globally accessible, that is, they live on the and are accessed through standard OGC and W3C interfaces, globally integrated data sources that make use of the data representation, and where appropriate, explicitly refer to one another. International Organization for Standardization (ISO) established several TC211 standards for Geographic information or Geomatics field. For example, ISO19136 is for the Geography Markup Language (), ISO19128:2005 is for the web map server interface. Also the Open Geospatial Consortium(OGC) fixed the Open GIS Service Interface Standard version There is one matter of concern about Geo. When disaster occurred, people may rush into the same server. In order to avoid going down of the server system, access control process will be needed. Mr. Jan Herrmann pointed out this problem and he proposed some solutions. That is GeoXACML OGC candidate specification. (See Nayak,S., et al. Eds., 2008.) Figure 2.An ordinary word wide web But the residents or the staffs of land improvement districts will desire to know the situation of disaster quickly and precisely when thunderstorm gives a localized downpour. Because such land improvement district controls drain water gates to the river of the drainage canal or open type irrigation channel. Therefore the way of information collection from the conventional world wide web is circuitous. As recently the number of such organization s staff members is decreasing, telephone communication between the people concerned is not the enough method. If the staff went to check the bar screen along the irrigation channel route for removing litters, there is no one in front of the electric flow control panel of the Server1 Server2 s or satellite images from each WMS server should be placed the exact location on the client s web browser. Figure 3. What is Geo? Server3 244

      3 International Archives of the Photogrammetry, Remote Sensing and Spatial Information Science, Volume XXXVIII, Part 8, Kyoto Japan 2010 satellite data are the Orkney s digital Japanese maps and 2. SYSTEM DESIGN FOR GEOWEB ALOS/AVNIR-II geotiff image. (Figure 5.. and 6.) The author made two type of Geo for a prototype. The first is based on the Microsoft Windows operating system. The second is based on the Linux OS. Both systems were made by the combination of some open source and free software. For Microsoft WindowsXP OS, the OSGeo4W.exe package is useful and almost all-in-one set, including Apache, PHP, Server, GDAL/OGR, python, QGIS, udig, tcltck, zlib, etc. The OpenLayers is for dynamic displaying of the add-on Server software using JavaScript. Addition to such software, the OSGeo s WinGRASS package is including the windows based GRASS, the stand-alone GIS. The PostgreSQL plus PostGIS is for the GIS data storing and data searching tool. For Linux OS, to make the Geo will be more difficult Figure 5. a sample browsing view of the implemented Geo than Windows based one. The system design for the Linux based Geo server consists of CentOS, Apache, Server, GDAL, OpenLayers, PostgreSQL, PostGIS. And it 4. APPLICATION TO THE PRACTICAL USE for Desktop is GRASS, QuantumGIS, udig. (See Figure 6.) The author plans to apply the trial implemented Geo Also the client side environment is similar to this. (See server into the practical use this year. The candidate region is Figure.4) Tochigi prefecture, the suburbs of Tokyo metropolitan area. WMS, WFS, WCS server Tochigi region is famous for having a lot of thunderstorms in postgresql,+ summer. Thundercloud is quickly moving and very local place postgis has heavy rain in a short time. Surface runoff will increase GIS data store and search engine suddenly and some of the runoff pours into open channels for QGIS, GRASS ogr2ogr, ogrinfo, shp2pgsql irrigation. There is spillway on the canals: but if the rainfall is GDAL, OGR beyond the expectation, the staffs of the land improvement gaia projection or format transform, Visualization of GIS district should open the gate of the waste-way out to the river. Sometimes, the trash-rack screen of the open channel for metadata reading getting rid of suspended matters gets plugged during such data in multiplatform Figure 4. client environment under the open source approach thunderstorm. The staff must remove those litters from the (This figure is modified and added the Dr. Imaki, H. s original screen at the height of storm. If the small number of staffs can one.) operate the irrigation system, they may want to know about the situation of thunderstorm and the condition of irrigation canals quickly and easily. Tokyo Electric Power Company is releasing 3. GEOWEB IMPLEMENTATION the information of rainfall and thunder observation data The author practically made a prototype Geo server through the world wide web. ( using the CentOS Linux based one. The sample map data and Japan Meteorological Agency puts the radar nowcast figure 245

      4 into the public through the. ( Ministry of Land, Infrastructure, Transport and Tourism throws the real time information of river state, such as rainfall, river water level, etc. open to the public using the world wide web. ( But as this kind of information is on the deferent web server, they have to access each web site. Now those organizations don t put the meteorological information into the public using the Geo. The author plans to measure the rainfall by using logger recording rain gauges and the collected rain data are put into the other implemented Geo server database. The user can experience such kind of Geos simulatively. popular in Japan. Those meteorological related organizations don t have the plan to make the Geo server now. The satellite data distributors, such as JAXA or RESTEC in Japan may not have any plan to throw the observed satellite data open to the public using the Geo. The dissemination of the Geo technology is important in this stage. As for the ISO standard for Service, web server is said sometimes under exposing to the heavy load from many users requests. Hence in order to put the Geo to practical use, it will need an access control test and loading test of the server. (Nayak, et al.:2008) REFERENCES GDAL/OGR OpenLayers 2.8 Server PostgreSQL GRASS Brent Hall,G., Leahy,M., 2008 Open Source Approaches in Spatial Data Handling. Springer, Berlin, pp Apache httpd PostGIS QGIS CentOS5.4 Figure 6. the composition of the ISO standard implemented Geo using open-source software 5. CONCLUSIONS AND DISCUSSION 5.1 What is the difference from Google Earth? The ISO standard implemented Geo is apparently similar to the Google Earth picture. But Google technology is using another OGC criteria. They adopt KML language not they use the WMTS ( Tiling Service), not WMS ( Service). The KML and WMTS may be easier than ISO s standard for web application programmers. But the base map is provided by only the Google company. Is it suitable for disaster information sharing platform or not? A question will remain doubtful. 5.2 How to extend the Geo? Imaki, H Tokyo workshop textbook of Introduction to the Opensource GIS, For the spatial analysis begginers using PostGIS and QGIS (In Japanese). NPO The Geoecological Conservation Network, Tokyo, pp.1-45 ( ectures) Jansen,M., Adams,T., OpenLayers entwicklung mit dynamischen Karten und Geodaten. Open Source Press, Muenchen, pp Kropla,B., Beginning Server Open Source GIS Development, APRESS and Springer, New York, pp1-368 Lake,R., Burggraf, D., et al., Geography Mark-up Language() Foundation for the Geo-. John Willey & Sons Ltd., England, pp.7, Li,J., Zlatanova,S. and Fabbri,A.(Eds.), Geomatics Solutions for Disaster Management, Springer, Berlin, pp.49-60, , The procedure of implementation of Geo is not Mitchell,T.(Author), Ohtsuka,K.,etc.(Translators),

      5 ping Illustrated (translated into Japanese), O Reilly Japan,Tokyo, pp National Research Council,2007. Successful response starts with a map Improving geospatial support for disaster management. The National Academies Press,Washington,D.C., pp Nayak,S. and Zlatanova,S., Remote sensing and GIS Technologies for Monitoring and Prediction of Disasters. Springer, Berlin, pp Yamada, Y., Utashiro, K., Kover, M., Painting maps and Making column charts, line graphs of International Agricultural Statistics Database on the client browser using based GIS tool (in Japanese). Proceedings of Annual meeting of GISA, Tokyo, pp Yamada,Y., Kover,M., Utashiro,K., Data retrieval and mapping system with Global s for the international statistics on agriculture using based GIS tool. Proceedings of Global ping Forum 2000, Hiroshima, Japan, pp.1-9 Neteler,M., Mitasova,H.(Eds.), Open Source GIS A GRASS GIS Applroach Third Edition. Springer, New York, pp1-366 Wernecke, J., The KML Handbook Geographic Visualization for the. Addison-Wesley,Kendallville, pp Obe, R., PostGIS. Manning Publications, chapter11 pp.1-35 Zlatanova,S., Li,J., Geospatial Information Technology for Emergency Response. Taylor & Francis, London, pp Peter van Oosterom and Sisi Zlatanova, Creating Spatial Information Infrastructures Towards the Spatial Semantic. CRC Press, Boca Raton, pp Pliz,J.(Ed.), Interfacing Geostatistics and GIS. Sringer, Berlin, pp Scharl,A. and Tochtermann,K.(Eds.), The Geospatial, Springer, London, pp.174, 185, 254 Yamada,Y.a, Morphological Analysis of Flood Inundated Regions In Paddy Areas Using ALOS/PALSAR Data and its Distribution on the Google Earth Design of the Future Disaster Management System(FDMS)--. The International Archives of the Photogrammetry, Remote Sensing and Spatial Information Sciences. Vol.XXXVII. PartB4.Beijing, pp ACKNOWLEDGEMENTS This research results are acquired by using the budget of MEXT research promoting program for space technology application. The ALOS/AVNIR-II and PALSAR satellite data are provided from the JAXA ALOS satellite research collaboration program with NARO as a primary investigator. The copyright of ALOS/PALSAR data belongs to METI and JAXA. Atori Co.,Ltd. is grown as a new Geo industry in the Tsukuba area, Ibaraki prefecture, Japan through the successful bidder for this research subject of making a trial Geo server. Yamada,Y.b, Enhancement of the rural and irrigation system infrastructure to disasters with a help of IT. Proceedings CD-ROM of 32 nd ISRSE, Costa Rica, pp

      Application of Google Earth for flood disaster monitoring in 3D-GIS

      Disaster Management and Human Health Risk II 271 Application of Google Earth for flood disaster monitoring in 3D-GIS M. Mori & Y. L. Chan Department of Information and Computer Science, Kinki University,


      Voir la vidéo: Download and Install QGIS u0026 in Windows 10